W Pucharze Świata Justyna Kowalczyk debiutowała 9 grudnia 2001 w Cogne, zajmując 64. miejsce w kwalifikacjach sprintu stylem dowolnym na 1,5 km. 21 marca 2010 natomiast stała się pierwszą biegaczką narciarską, która przekroczyła próg 2000 punktów w Pucharze Świata. Obecnie ma na swoim koncie zawrotną ilość medali i wyróżnień: pięć medali olimpijskich, osiem medal mistrzostw świata, a ponadto dwukrotnie była mistrzynią olimpijską oraz mistrzynią świata, cztery razy zwyciężyła w Pucharu Świata i tyle samo razy triumfowała w Tour de Ski. Kowalczyk jest pierwszą i jak do tej pory jedyną kobietą, która zdobyła olimpijskie mistrzostwo dla Polski na zimowych igrzyskach.
Polska biegaczka narciarska jest jedną z dwóch kobiet w historii tej dziedziny, której udało się zdobyć Puchar Świata trzy razy z rzędu. Jest również jedyną zawodniczką, która cztery razy z rzędu zwyciężyła w prestiżowym cyklu Tour de Ski. Dzięki zdobyciu pięciu medali olimpijskich jest najwybitniejszym polskim sportowcem w historii Zimowych Igrzysk Olimpijskich. Ponadto posiada stopień naukowy doktora nauk o kulturze fizycznej, który uzyskała 24 września 2014 roku.
23 marca 2009 roku Justyna Kowalczyk została odznaczona Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski, natomiast 23 marca 2010 roku została nagrodzona Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski. W 2010 została również uznana za 9. najcenniejszą gwiazdę polskiego show-biznesu.